Kubik setzte als Herausgeber neue Standards durch und leitete so die Transformation von der Kritischen Gesamtausgabe (KGA) in die Neue Kritische Gesamtausgabe (NKG) von Mahlers Werken ein. Er gab die Bände zu den Symphonien Nr. 5 (KGA, Kritische Neuausgabe, 2002), Nr. 6 (NKG, 2010) und Nr. 7 (NKG, 2012), die dreisätzige Fassung von Das klagende Lied (NKG, Supplement Bd. 4, 2011) und, gemeinsam mit Stephen Hefling, die fünfsätzige Frühfassung der Symphonie Nr. 1 „Titan“ (NKG, Supplement Bd. 5, 2019) heraus. Kubik kuratierte mehrere viel beachtete Ausstellungen, darunter zum 50-jährigen Bestehen der IGMG Mahleriana – Vom Werden einer Ikone (gemeinsam mit Erich Wolfgang Partsch, Jüdisches Museum Wien, 21.9.2005–8.1.2006) und zum 150. Geburtstag Mahlers „leider bleibe ich ein eingefleischter Wiener“ – Gustav Mahler und Wien (gemeinsam mit Thomas Trabitsch, Theatermuseum, 11.3.2010–3.10.2010). Er gab Standardpublikationen zu Mahlers Biographie und Werk heraus, so Mahlers Welt. Die Orte seines Lebens (gemeinsam mit Helmut Brenner, Residenz Verlag 2011), Mahlers Menschen. Freunde und Weggefährten (gemeinsam mit Helmut Brenner, Residenz Verlag 2014) sowie die zwei Bände Musikinstrumente und Musizierpraxis zur Zeit Gustav Mahlers (Böhlau Verlag 2007, 2021, Bd. 2 gemeinsam mit Hartmut Krones), und verfasste zahlreiche Beiträge zu Mahlers Schaffensprozessen und zu Fragen der historisch informierten Aufführungspraxis.
Reinhold Kubiks Arbeit wirkt bis heute weiter und wir versuchen unsere Tätigkeiten immer auch in seinem Sinn fortzuführen.