Ekstein war ein leidenschaftlicher Forscher und Autor, dessen Wirken ganz im Zeichen von Gustav Mahler stand. Seine Mission nannte er selbst „die Sache Mahler“ – ein Anliegen, dem er sich mit unermüdlicher Energie, großer Beharrlichkeit und bisweilen auch mit bewusst gesetzten Impulsen zur Erneuerung verschrieb. Dabei scheute er nicht davor zurück, eingefahrene Strukturen in Frage zu stellen, wenn es ihm darum ging, Mahlers Werk stärker ins öffentliche Bewusstsein zu rücken.
Eng verbunden war er der Gustav Mahler Stichting Nederland, für die er unter anderem als Sekretär tätig war. Zugleich war Ekstein Teil des internationalen Netzwerks der Mahler-Forschung. In seinen Arbeiten widmete er sich insbesondere archivalischen Quellen und editorischen Fragen. Hervorzuheben sind seine Beiträge in den Nachrichten zur Mahler-Forschung: In Heft 63 (2011) veröffentlichte er einen bislang unbekannten Mahler-Brief aus dem Archiv der niederländischen Mahler-Stiftung, in Heft 67 (2013) folgte eine Besprechung der Edition der Zweiten Symphonie in der Neuen Kritischen Gesamtausgabe. Diese Studien zeugen von seinem nachhaltigen Engagement für die wissenschaftliche Auseinandersetzung mit Mahlers Werk.
Viele, die ihn begleitet haben, erinnern sich zudem an gemeinsame Reisen zu Mahler-Orten und an anregende Begegnungen im Rahmen von Tagungen und Kongressen – getragen von seiner Begeisterung und seinem unermüdlichen Einsatz.
Mit Louis Ekstein verliert die Mahler-Gemeinschaft einen leidenschaftlichen Fürsprecher der „Sache Mahler“, dessen Wirken und Persönlichkeit in lebendiger Erinnerung bleiben werden.